En el Suplemento del Registro Oficial Nro. 351 el 29 de diciembre de 2010 se publicó el Código Orgánico de la Producción, Comercio e Inversiones, el cual en su artículo 71 crea el Comité de Comercio Exterior, COMEX, con las atribuciones que tiene actualmente. Antes de la existencia del COMEX, existía el Consejo de Comercio Exterior e Inversiones, COMEXI, creado mediante la Ley de Comercio Exterior e Inversiones, LEXI, publicada en el Suplemento del Registro Oficial Nro. 82 de 09 de junio de 1997. Si bien el COMEXI podía emitir por sí mismo disposiciones para la ejecución de política pública en materia comercial, tenía menos atribuciones que las que actualmente ejerce el COMEX.
Durante la vigencia de la LEXI, la política pública en materia arancelaria (tributos a la importación de mercancías) era ejercida primordialmente por el Presidente de la República, encontrándose entre las atribuciones del COMEXI la emisión de dictámenes previos para consideración del Presidente al momento de emitir, mediante Decreto, las tarifas arancelarias aplicables a los productos importados al país. El COMEXI durante su existencia emitió un total de 604 Resoluciones, siendo la última de fecha 15 de diciembre de 2010.
Con estos antecedentes, el COMEX inició sus funciones en el año 2011 una vez entró en plena vigencia el Código Orgánico de la Producción, Comercio e Inversiones. Conforme el citado Código, el Presidente de la República designa al Ministerio que actuará como Presidente del COMEX y a la vez como Secretaría Técnica del cuerpo colegiado. En tal sentido, mediante Decreto Ejecutivo No. 671, publicado en el Registro Oficial No. 404 de marzo 15 de 2011, se designó al Ministerio de Coordinación de la Producción, Empleo y Competitividad para que presida el COMEX y faculta al titular de dicha Institución para designar al funcionario que actuaría como Secretario Técnico del cuerpo colegiado. Durante la Presidencia del Ministerio de Coordinación de la Producción, Empleo y Competitividad se emitieron 103 Resoluciones del COMEX.
Mediante Decreto Ejecutivo Nro. 25 de 12 de junio 2013, publicado en el Suplemento del Registro Oficial Nro. 19 de 20 de junio de 2013, se creó el Ministerio de Comercio Exterior, y mediante su Disposición Reformatoria Tercera, modificando el contenido del Decreto Ejecutivo No. 671 antes nombrado, se designa a esta nueva Cartera de Estado para que presida el COMEX y se autoriza a su titular a designar al Secretario Técnico del mismo. El citado Decreto también reestructura al COMEX suprimiendo dos de sus Miembros (Servicio de Rentas Internas y el Ministerio de Coordinación de los Sectores Estratégicos) y define que los miembros con voz y voto serían únicamente: el Ministerio de Comercio Exterior, el Ministerio de Industrias y Productividad, el Ministerio de Agricultura, Acuacultura, Ganadería y Pesca, el Ministerio de Finanzas y la Secretaría Nacional de Planificación y Desarrollo; quedando como Miembros con voz, pero sin voto, el Ministerio de Coordinación de la Producción, Empleo y Competitividad, el Ministerio de Coordinación de la Política Económica y el Servicio Nacional de Aduana del Ecuador.
El 9 de agosto de 2013 se realiza la primera reunión del Pleno del COMEX presidido por el Ministerio de Comercio Exterior, en la cual esta Institución presentó a los Miembros del COMEX la propuesta de trabajo para el cuerpo colegiado, así como la necesidad de crear un Consejo Consultivo en cumplimiento de la Ley Orgánica de Participación Ciudadana. Durante el período de estructuración del recientemente creado Ministerio de Comercio Exterior, el Ministerio de Coordinación de la Producción, Empleo y Competitividad, como Expresidente del Ministerio de Comercio Exterior, una vez que se encontraba aprobado su Estatuto Orgánico de Gestión Organizacional por Procesos, procede a estructurar la unidad administrativa que actuará como Secretaría Técnica del COMEX. El 11 de diciembre de 2013 se designa al Coordinador de dicha unidad, que a su vez ejercerá como Secretario Técnico del COMEX. El 8 de enero de 22014 inicia el ingreso del personal técnico, finalmente en julio de 2014 se completa el equipo técnico de la unidad administrativa.En la primera reunión del Pleno del COMEX de 14 de enero de 2014 se aprobó como primer punto el Reglamento de Funcionamiento del COMEX, con Resolución 001-2014, este reglamento se publicó en el Suplemento del Registro Oficial Nro. 182 el 12 de febrero de 2014. Esta nueva normativa regula de forma mucho más detallada la labor del COMEX, define requisitos más exigentes para los informes técnicos que a su vez sirven de sustento a las decisiones que adopta el COMEX, delimita las atribuciones de la Secretaría Técnica y da respuesta a un sinnúmero de temas de orden administrativo, procurando una estructura sistemática y más organizada para el funcionamiento del COMEX.
Actualmente continúa desarrollándose la labor del Comité de Comercio Exterior, orientada a proveer un ambiente idóneo para el desarrollo de las actividades productivas, el crecimiento económico y la consecuente generación de empleo en el país.